O cloro é tão importante devido ao seu poder de desinfetar fontes de água que mesmo durante as guerras o seu uso costuma ser liberado pelo inimigo. Em 2006, por exemplo, o exército israelense autorizou o fornecimento de cloro na Faixa de Gaza a pedido de organizações humanitárias internacionais. No começo de 2013, o Fundo das Nações Unidas para a Infância (Unicef) montou uma megaoperação na Síria para garantir o abastecimento de água potável para mais de 10 milhões de pessoas, cerca de metade da população, por meio da distribuição de mais de mil toneladas de cloro.

A cloração de águas públicas foi introduzida nos Estados Unidos, em Jersey City, em 1908, e espalhou-se rapidamente, à medida que essa técnica demonstrou ser altamente eficiente na redução da incidência de mortes causadas por doenças comuns de propagação hídrica.

Doenças como a cólera continuam a eliminar milhares de vidas a cada ano nos países de terceiro mundo, em grande parte por causa de práticas inadequadas de desinfecção da água potável. A popularidade do cloro é bem merecida, pois é fácil de aplicar, dosar e controlar. Mantém uma ação desinfetante residual durante a distribuição de água aos consumidores após tratamento e é econômico quando comparado com agentes desinfetantes alternativos.

O cloro é também o desinfetante mais eficaz para se usar em casos de desastres naturais, tais como inundações. Vale citar as que ocorreram em 1993 na cidade de Des Moines, em lowa, nos Estados Unidos. O fornecimento de água potável do município só pôde ser retomado depois de uma supercloração nas instalações de tratamento e tubulações de distribuição, realizada para eliminar os organismos patogênicos.

A cloração aumentada (tratamento de choque) também é uma medida típica por fornecedores de água para corrigir o suprimento de água contaminada por enxurradas, como ocorre em muitas bacias hídricas.